Народився 25 лютого 1950 року в с.Джангі-Джер Кизил-Аскерского району Фрунзе області Киргизької СРСР, де його сім'я опинилася після депортації карачаївського народу. Карачаевец. З шести років пішов у школу. З 1957 р сім'я проживала в Карачаєво-Черкеської автономної області (пізніше республіці). Після закінчення в 1966 році середньої школи №3 Б.Ебзеев два роки працював теслею-бетонщиком будівельної організації в г.Карачаевске Карачаєво-Черкеської автономної області (в той час трудовий стаж не менше двох років з робочої спеціальності був неодмінною умовою для допуску до вступних іспитів в юридичний вуз).
У 1972 році Борис Ебзеев з відзнакою закінчив Саратовський юридичний інститут ім.Д.І.Курского (нині Саратовська державна академія права) і вступив до аспірантури цього ж інституту, навчання в якій завершив достроково і успішно захистив дисертацію на здобуття наукового ступеня кандидата юридичних наук за темі "Конституційні засади свободи особистості радянських громадян". За час навчання Б.Ебзеев був удостоєний вищої на той час стипендії им.В.И.Ленина. Делегат першого Всесоюзного зльоту студентів (жовтень 1971 р.)
У 1975 - 1976 рр. Борис Ебзеев проходив дійсну військову службу в спеціальних моторизованих частинах міліції. Занесений до Книги пошани МВС СРСР (1976 г.). Після демобілізації з 1977 р працював в Саратовському юридичному інституті викладачем, старшим викладачем (одночасно секретар комітету ВЛКСМ інституту на правах райкому), доцентом, професором кафедри державного (конституційного) права.
У 1989 році Б.Ебзеев захистив докторську дисертацію на тему "Конституційні проблеми прав і обов'язків людини і громадянина". Доктор юридичних наук, професор.
У 1991 році Борис Ебзеев брав участь в розробці ряду законопроектів, включаючи проект Конституції (Основного закону) Російської Федеративної Республіки, який був підготовлений групою співробітників Харківського юридичного інституту та удостоєний почесної грамоти Голови Верховної Ради Української РСР і премії Конституційної комісії З'їзду народних депутатів РРФСР, а також Конституції Карачаєво-Черкеської Республіки.
Б.Ебзеев полягав у КПРС до жовтня 1991 року.
29 жовтня 1991 V З'їздом народних депутатів РРФСР Борис Ебзеев обраний суддею Конституційного суду (КС) Російської Федерації (висунутий народними депутатами від автономій).
У 1993 р Б.Ебзеев брав активну участь в роботі Конституційної наради Російської Федерації і його комісії з доопрацювання проекту Конституції Російської Федерації. Один з розробників Федерального конституційного закону "Про Конституційний Суд Російської Федерації".
14 лютого 1995 Борис Ебзеев включений до складу першої палати КС. Член Комісії з координації з органами судового конституційного контролю суб'єктів Російської Федерації і держав - учасниць СНД.
Практичну діяльність в Конституційному суді РФ Б.Ебзеев поєднує з науковою та педагогічною, є завідувачем кафедри конституційного права одного з вищих навчальних закладів Москви, керує підготовкою ряду кандидатських і докторських дисертацій, вносячи тим самим вагомий внесок в підготовку наукових і педагогічних кадрів, полягає в редколегіях журналів "Держава і право" і "Росія і її суб'єкти:" право і політика ", є членом спеціалізованих учених рад Саратовської державної академії права і НДІ прокуратури Росс йской Федерації.
30 липня 2008 року президент Росії Дмитро Медведєв вніс кандидатуру Бориса Ебзеева на розгляд Народних зборів Карачаєво-Черкесії для наділення його повноваженнями президента республіки .
5 серпня 2008 року на позачерговій сесії Народного зібрання Карачаєво-Черкесії Борис Ебзеева був одноголосно затверджений новим президентом КЧР , Змінивши на цій посаді Мустафу Батдиєва, термін повноважень якого, як республіканського президента, закінчувався у вересні 2008 р
За видатний внесок у розвиток вітчизняної юридичної науки Б.Ебзееву у 2000 році Указом Президента Російської Федерації присвоєно почесне звання "Заслужений діяч науки Російської Федерації". Заслужений юрист Російської Федерації. Автор чотирьох монографій. В кінці 1996 року випустив книгу "Конституція. Правова держава. Конституційний Суд".
Одружений, має сина, внучку і внука.
