Інститут створений в жовтні 1959 р Уже понад півстоліття наукові співробітники Інституту займаються дослідженням історичних, соціально-політичних, економічних, етнокультурних проблем декількох десятків незалежних держав, що виникли на Африканському континенті в результаті краху колоніальної системи. За цей період була створена солідна наукова база розвитку радянсько-африканських, а згодом російсько-африканських відносин. Наукові співробітники, в різні роки працювали в Інституті, внесли вагомий вклад в розвиток вітчизняної африканістики, імена багатьох з них добре відомі в світових центрах з вивчення Африки.

Першим директором Інституту став його засновник І.І. Потєхін. Пізніше Інститутом керували члени-кореспонденти Академії наук В.Г. Солодовников і Ан.А. Громико. З 1992 по 2015 року Інститут очолював академік РАН А.М. Васильєв . З 2016 р директор Інституту - член-коресподент РАН, доктор економічних наук, професор І.О. Абрамова.

Наукова діяльність Інституту здійснюється відповідно до пріоритетних напрямів фундаментальних досліджень, встановленими Президією РАН і закріпленими в статуті Інституту .

Інститут є базовою організацією для діяльності Наукової ради РАН з проблем Африки (НСА) при Відділенні глобальних проблем і міжнародних відносин РАН.

В Інституті працюють 158 наукових співробітника , Серед них 1 академік РАН, 4 член-кореспондента РАН, 18 докторів наук, 62 кандидата наук, 3 професори РАН

У складі Інституту діють 10 науково-дослідних центрів , а також Центр наукової інформації і міжнародних зв'язків , Відділ аспірантури , Редакційно-видавничий відділ .

бібліотека Інституту - унікальне зібрання наукової та довідкової літератури по Африці, найбільше в Російській Федерації та країнах СНД. Її фонди налічують близько 120 тисяч одиниць зберігання. Це книги, брошури, дисертації, періодичні видання російською та іноземними мовами з проблем країн Африки, а також Арабського світу.

будівля , В якому розташовується Інститут, має чимале історико-культурне значення і цікаву історію .